El diagnóstico diferencial de la RA es el que se plantea en presencia de un cuadro clínico de síndrome rinítico como manifestación clínica común de las rinitis, teniendo en cuenta los diferentes tipos de rinitis no alérgicas y otras afecciones nasales que pueden cursar con inflamación y entre las que se encuentras polipos nsales, tumores, defectos ciliares, rinolicuorreas y factores mecánicos.
 
    Entre las diferentes formas de RA.
   La historia clínica es el elemento diferenciador fundamental entre la RA perenne y la estacional o polínica. En general, la historia es más que suficiente, si bien algún caso puede presentar una superposición en los síntomas, lo que hace que surjan dudas.
   La eosinofilia en la secreción nasal es un dato fundamental, siendo positiva en RA y en la Eosinofila no alérgica, mientras que en la Vasomotora colinérgica es negativa. Por ello la presencia elevada de eosinofilia en el exudado nasal de un paciente permite descartar la rinitis colinérgica, pero no sirve para diferenciar las RA de la Rinitis Hipereosinófila no alérgica.
   Entre las RA perennes, la alimentaria es la que presenta un diagnóstico más difícil. Ante todo se ha de pensar en la posibilidad de su existencia, las pruebas cutáneas y la IgE específica suelen resolver el problema. Se puede igualmente recurrir a realizar una dieta de eliminación diagnóstica. Esta dieta se comienza con agua y un preparado de aminoácidos seguida de una exposición secuencial a una serie de alimentos sospechosos seleccionados en base a los resultados de las pruebas de IgE.
   En el siguiente cuadro se exponen en líneas generales los elementos clínicos de diagnóstico diferencial más importantes entre las diferentes formas de rinitis más comunes: