Histológicamente se produce una intensa inflamación de todo el tejido linfoide con acúmulos de leucocitos polinucleares, formación de abscesos múltiples y amplias zonas de necrosis. En las criptas se produce un exudado. Se produce una hiperplasia reticular que reduce la zona cortical.

   El epitelio de la cripta experimenta luego un proceso de regeneración que no siempre es completo, pudiendo quedar zonas con ulceraciones en el interior de la cripta, aunque a veces dicha regeneración puede adoptar un patrón típicamente hipertrófico.

   Según el estadio evolutivo de la inflamación-infección, se pueden distinguir un estadio inicial de amigdalitis catarral, dominada por la vasodilatación y el enrojecimiento, a la que sigue una amigdalitis pultácea, cuando los exudados purulentos afloran en la desembocadura de las criptas amigdalinas. Finalmente, cuando los exudados se extienden por la superficie de la amigadla, confluyendo los procedentes de las diversas criptas, se denomina amigdalitis lacunar. Dependiendo de la inmunidad del sujeto o de la terapia instaurada, la inflamación puede quedar detenida en cualquiera de estas fases, determinando la sintomatología objetiva.